1941年1月，盛世才曾向苏联提议，成立突厥斯坦苏维埃共和国，加盟苏联。由于当时苏联正要与德国开战，需要中国的同盟，斯大林拒绝了这一提议。
1937年至1938年间，盛世才效仿苏联整肃做法，对新疆内部进行大规模清查。许多被指为“托派”“反革命”的人员被捕。
1938年盛世才秘密赴莫斯科，会见斯大林，并获得苏联共产党党员身份。此举使新疆在名义上仍属中国，但在实际政策上明显倾向苏联。
到1941年初，盛世才提出将新疆改组为“突厥斯坦苏维埃共和国”，并入苏联体系。盛世才判断依附苏联可以摆脱南京方面的制约。
然而国际局势急转直下。1941年6月德国进攻苏联，德军迅速推进。斯大林在外交上更需要维持与中国的关系，拒绝盛世才的请求。
苏德战争爆发后，苏军初期损失惨重。盛世才每日关注战报，内心开始动摇。1942年3月19日，盛世才之弟盛世骐遭枪杀。
盛世才借此指责苏联人员与地方势力勾连，掀起反苏行动。数百涉苏官员被捕。1942年9月，陈潭秋、毛泽民等中共干部在新疆被逮捕，次年9月被处决。
1942年10月，盛世才要求苏联撤出全部顾问与机构。新疆行政系统改用国民党教材与旗帜。蒋介石派员入疆，加强中央控制。盛世才表面靠拢南京，却仍在暗中观察局势。
1944年8月11日，盛世才逮捕国民党新疆党部书记黄如今和建设厅长林继庸，指控谋反，史称“黄林案”。这一举动引发南京不满。同年，盛世才试图再次向苏联示好，发电报表达愿意归附。
斯大林将电报转交蒋介石。局势已无法挽回。1944年8月29日，国民政府任命朱绍良为新疆省主席，盛世才被调任农林部长，离开新疆。
从1933年到1944年，新疆经历多次政策转折。苏联军事援助、经济合作、政治整肃，再到反苏清算与权力更替，变化密集。
盛世才的统治依附外部力量，又在国际形势变化中不断调整。有人评价其行事投机，也有人指出其在复杂局势下求存。
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